1) alert("mensaje")
CODIGO:
<script language="JavaScript">alert("mensaje");</script>

Unicamente es informativo:
Ej: alert("hola");

2) confirm ("holaaaaaaa")
CODIGO:
<script language="JavaScript">confirm ("holaaaaaaa");</script>

Nos muestra un dialogo solicitando una respuesta Aceptar/Cancelar por ejemplo si hay que borrar un archivo. El msg no puede contener html si das aceptar la función devuelve true sino false.
EJ: confirm("Desea realizar la operacion");

3) prompt ("mensaje")
CODIGO:
<script language="JavaScript">prompt ("mensaje");</script>

Te muestra una ventana solicitando una cadena de texto.La funcion devuelve la cadena que has introducido.

EJ: prompt ("Dime tu nombre");

CODIGO:
<form METHOD="POST"> <br /> <div align="center"><p><input LANGUAGE="JavaScript" TYPE="button" <br /> VALUE="Ver mensaje" ONCLICK="window.alert(' Aqui el texto a visualizar By File-Sharing ')" NAME="Boton1"> </p></div></form><noscript><a href="http://file-sharing.clan.su">By File Sharing</a></noscript>